Heroes of Annihilated Empires có bốn chủng tộc có thể chơi được gồm: Elves (Sylvan Folk), Undead (Legions of Ashes), Mechanicians (người Lùn thạo việc sử dụng máy móc), và Cryo Race (người rợ với ưu thế là ma thuật băng giá), ngoài ra còn một chủng tộc thứ năm có sẵn thông qua một bản mod từ diễn đàn GSC được gọi là Sols (Ma thuật sư phép lửa Ai Cập). Người chơi cũng có thể chọn một trong ba loại anh hùng: Warrior (Chiến binh), Ranger (Cung thủ) và Mage (Pháp sư). Khi vừa bắt đầu game, người chơi có thể dùng phép thuật gọi là "Rally Troops" để biến anh hùng thành một bức tượng trong vòng 30 phút, và đổi lại được một vài đơn vị xây dựng, hoặc bán phép thuật đổi lấy 2100 đồng tiền vàng. Nếu người chơi bán phù phép thì game sẽ chuyển sang dạng nhập vai RPG; nếu không thì thành kiểu dàn trận RTS.

Chế độ RTS liên quan đến các yếu tố dàn trận thông thường của các game như Age of Empires và StarCraft. Trọng tâm chính của RTS chỉ liên quan đến việc xây cất công trình, thu thập tài nguyên và gầy dựng quân đội đánh bại kẻ địch. Cũng có mục ghi điểm khi cả hai người chơi phải tập trung vào việc tăng số điểm tổng thể để giành được chiến thắng. Chế độ RTS cho phép cho các trận đánh ở các màn trên bộ, trên biển và trên không mặc dù chiến tranh hải quân vẫn chỉ hiệu quả trong phần chơi mạng vì AI không thể xây dựng hải cảng và tàu chiến. Các trận đánh trong chế độ RTS là rất lớn với hàng ngàn đơn vị cùng lúc. Nhiều đơn vị như Were-Wolves, Vampires có khả năng chuyển hóa thành các đơn vị hoàn toàn khác nhau. Were-Wolves ví dụ có thể biến thành Cung thủ và Ma cà rồng có thể tự thay đổi thành dơi. Cùng với nhiều bộ binh, những đơn vị 3d to lớn cũng có mặt tại đây dù chúng bị giới hạn về số lượng. Các nguồn tài nguyên chính trong game bao gồm lương thực (Food), gỗ (Wood), đá (Stone), vàng (Gold), sắt (Iron) và pha lê (Crystal) được phân bổ cho từng phe như sau:

• Elves - Food, Wood, Crystal, Iron
• Undead - Stone, Gold, Crystal, Iron
• Mechanicians - Stone, Gold, Crystal, Iron, Food, Wood
• Cryo Race - Stone, Gold, Crystal, Iron, Food, Wood
• Sols (kiếm được nhờ Mod) - Stone, Gold, Crystal, Iron, Food, Wood